A fekete gólyák a Sió csatorna torkolata és a déli országhatár közötti, Duna-menti védett erdőterületen fészkelnek kora tavasztól késő őszig. A madarak többsége március 15-e után érkezik meg a faj legnagyobb hazai állományának otthont adó Gemenci erdőbe. Fészkelőhelyük a tölgy-, kőris-, szilfaliget-erdők idős kocsányos tölgyfái. Az egyes párok területhűsége rendkívül változó. Fő táplálékuk az apró hal, béka, rovar.
Az első fiókák május elején bújnak elő a tojásból. A kirepülés akár már július közepén megkezdődhet, de zömmel augusztus 10-e körül zajlik. Ezt követően néhány hetet még a fészkelőhely közelében tartózkodnak, majd tél elől útra kelnek. A fekete gólyák két fő vonulási útvonala közül az egyik a Gibraltári-szoroson, a másik a Boszporuszon vezet át.
Magyarországon az 1990-es évek közepe óta 150-ről 300-ra nőtt a fekete gólyák állománya. A faj a legnagyobb számban a Baltikumban fészkel, a legsűrűbb hazai állománya – hozzávetőlegesen 45–50 pár – a Duna mentén, a Gemenc Zrt. területein található.
