Bálint Endre 1914-ben Budapesten, értelmiségi családban született, Apja, Bálint Aladár a Nyugat ismert képzőművészeti kritikusa volt, aki kétkezi munkásból részben önképzéssel vált szakíróvá. Nagybátyja Osvát Ernő; nővére, Bálint Klára, a mártírhalált halt Szerb Antal író és irodalomtörténész felesége lett 1938-ban.
Tizenhat éves korában felvették a Magyar Királyi Iparművészeti Iskola grafikai osztályába, reklámgrafika szakra, de hamarosan kiderült, hogy a festészet iránt is erősen vonzódik. Húszévesesen három hónapra Párizsba utazott, az ott megismert modern festészet kötelezte el későbbi pályáján. Hazatérése után, 1935-ben Vaszary János magániskolájában megismerkedett Vajda Lajossal, akivel hamar emberi-művészi barátságot kötött. 1936-ban Aba-Novák Vilmos magániskolájában tanult. Szentendrén Vajda Lajos és Korniss Dezső köré sok fiatal festő tartozott 1937-tõl 1940-ig, köztük volt Bálint Endre is. Nagyon fiatalon, mindössze 22 évesen támadta meg a tüdőbaj, betegsége egész életén át kísérte. A hatvanas évek végétől orvosai már nem engedték festeni, így fokozatosan áttért a kollázs-technikára; monotípiákat készített.
Első gyűjteményes kiállítását 1938-ban rendezték meg a Tamás Galériában. Attól kezdve a modern magyar művészet fejlődésével foglalkozó kritika figyelmének középpontjában állt, főként a rangos műtörténész és műkritikus, Kállai Ernő becsülte sokra. 1945-ben az Európai Iskola nevű művészcsoport egyik alapító tagja, 1948-ig évente gyűjteményes kiállításon szerepelt. 1947-ben hosszabb időt töltött Párizsban, megismerte André Bretont, és részt vett a nemzetközi szürrealista világkiállításon.
Idehaza 1956-ig nem rendezhetett kiállítást, tiltott alkotó volt. 1957–62 között Párizsban élt. Ott készültek híressé vált Biblia-illusztrációi. 1962 után Magyarországon fokozatosan átkerült a tűrt kategóriából a támogatottba. Könyveket jelentetett meg (Hazugságok naplójából, 1972; Életrajzi törmelékek, 1984; Sorsomról van szó, 1987.) Számos kiállításon vett részt képeivel külföldön, majd itthon is.
Élete utolsó évtizedében minden lehetséges kitüntetést megkapott; halála előtt még a Kossuth-díjat is. Hosszú betegeskedés után, még alkotóereje teljében, 1986-ban tüdőbajban halt meg. Bálint Endre a budai Farkasréti-temetőben nyugszik.
Festészete dadaista, konstruktivista, szürrealista és absztrakt irányokat vett, de lírai alaphangját a legmerészebb szabad asszociációk közepette is megőrizte. Jelkép-rendszere egyedi, csak őt jellemzi.
Legtöbb művét a Ferenczy Múzeum őrzi Szentendrén, mintegy tíz képe van a Deák Gyűjteményben Székesfehérvárott, nagyon sok munkája magántulajdonban van, miként a mostani, leányfalui kiállításnak minden darabja.