Karácsony táján kezdődik és 9–12 hónapig tart. A csendes-óceáni térség Egyenlítőhöz közeli területe karácsony táján erősen felmelegszik. A Limai Tudós Társaság figyelt fel elsőnek a jelenségre még a 19-ik században. Hatására aszályos, száraz időszak lép fel Afrikában, a Karib-tengeren pedig óriási esőzéseket okoz. Ellentéte a normálisnál hidegebb tengerfelszínt okozó La Niña, mely a Csendes-óceán trópusi területeinek középső és keleti részén fordul elő.
Az El Nino 1982–83 között több közép-amerikai országban végzett hatalmas pusztításokat, tetemes anyagi károkat okozott az Egyesült Államoknak, és még Európa időjárására is hatással volt. 1985 óta világszerte több ezer szakember próbálja megfigyelni, megérteni és előre jelezni ezt a különleges éghajlati jelenséget. A Föld számos pontján helyeztek el megfigyelő berendezéseket, ennek ellenére nem sikerült az El Nino 1997–98-i támadásának súlyosságát előre jelezni. Akkor ugyanis még senki nem gondolta, hogy az évszázad természeti katasztrófája következik be: szárazságok és tűzvészek az óceán nyugati vidékén (Indonéziában és Ausztráliában), árvizek, mezőgazdasági és infrastrukturális károk Afrikában és Amerikában, mindez összesen mintegy 22 ezer emberi életet követelt és 34 milliárd euró kárt okozott.
A tudósok már több korábbi civilizáció összeomlását tulajdonították az ilyen éghajlati ingadozásoknak, így például a maják vesztét Közép-Amerikában, az Angkor-civilizáció bukását Kambodzsában és királyságok összeomlását Thaiföldön és Vietnamban a tartós száraz időszakkal magyarázták. Hasonló éghajlati válság már dokumentált ókori Egyiptomban és Kínában is. Az izlandi Lakim vulkán kitörése, amely 1784-ben óriási hamufelhővel borította be Európát, közvetlen okozója lehetett az 1789-i francia forradalomnak.
Most a kutatások állítólag bizonyítani tudják azt, hogy az El Niño éveiben 1950–2004 között kétszer annyi polgárháború tört ki, mint az egyéb esztendőkben. A Solomon Hsziang által vezetett kutatók a New York-i Columbia Egyetemről most publikálták tanulmányukat a Nature tudományos magazinban. A vizsgálat idején Solomon Hsziang és munkatársai az 54 éves időszakban 234 polgárháborút vizsgáltak, amelyben több mint 25 ezer ember halt meg, a konfliktusok felében több mint 1000 ember vált a harcok az áldozatává. A kutatók a világot két részre osztották, az egyik felében érezni az El Niño hatását, a másikban nem.
A meglepő eredmény: az El Niño alatti években megduplázódott a háborúk száma az érintett országokban, vagyis a számítások szerint minden ötödik polgárháborúért az El Niño felel – állítják a szerzők. 1982-ben különösen súlyos El Niño pusztított Dél-Amerikában, a kukoricatermés elszáradt, és abban az évben kezdődött a „Fényes Ösvény” ellenállási mozgalom tevékenysége Peruban. Szudánban az El Niño-években (1963, 1976, 1983) fegyveres konfliktus tört ki az északi és az ország déli rész között. Több mint kétmillió ember halt meg a harcokban: ez volt a legtöbb áldozatot követelő háború a második világháború óta.
Más kutatók szerint viszont nincs bizonyíték arra, hogy a klíma volt a felelős a konfliktusokért, úgy vélik, ez csak „tiszta spekuláció”. Jared Diamond történész azonban úgy véli, a kapcsolat a száraz időszakok és háborúk között „nyilvánvaló”: „Olyan emberek, akik kétségbeesettek és gyengén tápláltak, úgy érzik, nincs mit veszíteni – és elkezdik polgárháborút.

